海洋,孕育地球生命之源,更藏着一个超古代的文明- 高等智慧的鱼族, 千万年前鱼族为逃避一次灾难乘飞船逃离地球, 移民到外星球居住。 今天,当成为了地球新主宰的人类还耽于安乐时,一场巨大的危机正悄悄接近, 鱼族知道人类不爱惜地球, 不断的耗费资源,更污染大地与海洋, 使无数海洋物种灭绝时,便决定回到地球。使地球全部变成汪洋, 并把鱼族移回地球!
阿空、阿静、阿能、阿震、阿风和杨一击等六位个性迥异的年青人,在唐少校、柯娜和福伯带领和帮助下,互相融合、互相接纳、彼此学习,逐渐成长为拥有强大的爱心、超凡的意志及守护正义的能力的有为青年,组成了团结勇敢、战无不胜的“巨神战击队”。关键时刻,继承史前文明的巨神战击队挺身而出!为了保护人类,六位战士连同十二只机械圣兽并组合成"天""地""人"三大巨神机械人殊死对抗鱼族魔军! 他们不断地迎接一次又一次挑战,不断地在战斗中学习成长,在历经无数次艰难险阻之后,最终在大家团结齐心的不懈努力之下,战胜了邪恶力量,保护了地球的和平。